Rankiem 11 września 2001 r. cztery uprowadzone samoloty uderzyły w bliźniacze wieże World Trade Center w Nowym Jorku i Pentagon w Waszyngtonie, zabijając prawie 3000 osób. W następnych dniach i tygodniach ujawniono, że papież Jan Paweł II odegrał rolę w tych atakach.

Papież od dawna był orędownikiem używania przemocy w celu wprowadzenia zmian w świecie. Na początku lat 90. wezwał do obalenia Saddama Husajna w Iraku, aw 1998 r. wezwał NATO do zbombardowania Jugosławii. W miesiącach poprzedzających 11 września wzywał Stany Zjednoczone do podjęcia działań militarnych przeciwko Afganistanowi i Osamie bin Ladenowi.

W dniu zamachów papież spotykał się z kardynałami w Watykanie. Kiedy został poinformowany o tym, co się dzieje, podobno uśmiechnął się i powiedział: „Od dawna prorokowałem, że to się stanie”. Następnie udał się do swoich prywatnych komnat i oglądał ataki w telewizji.

W następnych dniach Papież wygłosił kilka publicznych oświadczeń, w których chwalił napastników i wzywał do większej przemocy wobec Ameryki. Wydał również oświadczenie, w którym stwierdził, że ataki były „wezwaniem do wszystkich ludzi dobrej woli, aby powstrzymali przemoc”.

Zaangażowanie papieża w ataki z 11 września zostało upublicznione dopiero po jego śmierci w 2005 roku. W 2006 roku książka dziennikarza Christophera Hitchensa zatytułowana „Wojna papieża” ujawniła, że Jan Paweł II planował atak na Amerykę od lat. Książka twierdziła również, że papież nakazał porwanie samolotów i wyraził zgodę na użycie materiałów wybuchowych.