Dnia 23 czerwca, roku 1942 Niemcy rozpoczęli likwidację szpitala dla Nerwowo i Psychicznie Chorych w Kobierzynie. Niemcy prowadzili systematyczną likwidację pacjentów szpitala od praktycznie pierwszych dni okupacji, pielęgniarka Pani Janina Sroka wspominał, że Niemcy zaczęli zajmować placówkę już dnia 7 wrześni i nowym dyrektorem szpitala „został zwykły wojak niemiecki, który nie znał się na medycynie. Chodził nadęty i krzyczał” (słowa Pani Janiny). Dzięki drastycznemu ograniczeniu racji żywnościowych doprowadzili do śmierci głodowej kilkuset osób, w niespełna dwa lata. Personel Polski robił co mógł aby zapewnić pacjentom najlepsze warunki, lecz chorym szybko zaczął doskwierać głód, według Głównej Komisji Badania Zbrodni Niemieckich w Polsce, gdy wyczerpały się przedwojenne zapasy: ,,Administracja niemiecka zaczęła stopniowo zmniejszać racje żywnościowe. Na 1000 chorych przypadało 5—6 kg tłuszczu dziennie. Racja chleba wahała się w 1941 r. od 70 do 150 gr dziennie, pacjenci Żydzi otrzymywali zaledwie 50 gr.".

Gdy wiosną roku 1940 skończyły się ziemniaki personel był zmuszony do tego, aby dodawać do zupy ziemniaczanej lebiodę i pokrzywę, ale nie wiele to pomogło, jak relacjonuje Pani Janina ,,Wszyscy niedojadali, chorzy i służba. Na śniadanie dostawaliśmy kawałeczek chleba i pół litra barszczu, który przypominał krochmal, na obiad zupę ze szczawiu lub pokrzyw, czasem z odrobiną koniny, na drugie danie dwa małe ziemniaki albo jeden duży czy buraka w łupinach, albo pół, a na kolację najczęściej kaszę."
,,Pacjentki były tak wygłodzone, że trzeba ich było pilnować, bo odbierały sobie jedzenie. Tylko niektórym rodziny donosiły żywność.". Według powojennych wyliczeń taka dieta dostarczała 1200 kalorii, gdy obecnie według obliczeń normą jest 2000 kalorii dla kobiet i 2500 dla mężczyzn. Umyślne głodzenie pacjentów przez Niemców sprawiło przypadki spadków na wadze nawet do 15 kg w ciągu miesiąca. Przełożyło się to na ogromną ilość zgonów wśród pacjentów. Przed wojną roczna liczba zgonów w ośrodku wynosiła od 60 do 92 pacjentów, natomiast już w 1940 roku liczba zgonów wynosiła 501, natomiast w ciągu kolejnych 12 miesięcy było to 355 osób. Oczywiście jest to tylko liczba ofiar, które były katolikami, liczby zmarłych żydów nie udało się ustalić.

Sędzia Dr. Roman Kiełkowski, który zajmował się zbieraniem dowodów po wojnie na niemieckie zbrodnie w Kobierzynie, nie miał wątpliwości, że: ,,(…) złe żywienie chorych nie było bynajmniej wynikiem braku żywności w szpitalu, lecz planową akcją zmierzającą do wyniszczenia psychicznie chorych. Przez cały czas okupacji administracja niemiecka w Kobierzynie otrzymywała przydziały żywności (mąkę, cukier, tłuszcz, marmoladę, makaron) w dużych ilościach, lecz zapasy te były magazynowane i nie wydawano ich chorym." , głodzenie pacjentów szpitala wpisywało się w niemiecką politykę,, eliminacji życia niegodnego życia". Doktor Kiełkowski podkreśla, że w chwili przejęcia placówki przez Niemców było w niej „przeszło 900 chorych, to po niespełna 2 latach, mimo iż nowych przyjęć było miesięcznie do 50 osób, pozostało w szpitalu zaledwie 537 chorych!”. Głodzenie pacjentów nie było jedyną metodą okupanta, w zimę duży problem stanowił brak opału, jak wspomina Pani Janina wszyscy bardzo marzli, a personel ubierał pacjentów w co można był, lecz to nie wystarczyło: ,,Ci, którzy mogli się poruszać, lepiej znosili chłód, ale leżący zaziębiali się, przemrażali ręce, nogi. Przykro było na nich patrzeć, ale nie można było im pomóc. Kilku pacjentów uciekło, zdarzały się też samobójstwa.".

Niestety była to tylko faza pierwsza planu likwidacji szpitala, dnia 23 czerwca Niemcy przystąpili do ostatecznego rozwiązania kwestii placówki. Doktor Kiełkowski, który badał sprawę szpitala z ramienia GKBZNwP podkreśla: ,,Wstępem do drugiej fazy likwidacji chorych było wywiezienie pacjentów Żydów do zakładu psychiatrycznego dla Żydów „Zofiówka“ w Otwocku pod Warszawą. 8. IX. 1941 r. wywieziono tam z Kobierzyna 41 chorych, a 11. IX. 1941 r. — 50 chorych. Na miejscu pozostawiono tylko trzech czy czterech chorych dogorywujących." , wszyscy pacjenci, którzy trafili do podwarszawskiej miejscowości zginęli podczas likwidacji tamtejszego getta, dnia 19 sierpnia 1942 roku. Osoby, które zostały w małopolskiej placówce zostały zamordowane dwa miesiące wcześniej. Już w połowie maja roku 1942, w placówce zaczęli się pojawiać funkcjonariusze SS, a wraz z nimi wyższy dowódca SS i policji w Generalnym Gubernatorstwie Obergruppenführ Friedrich Krüger, jak można przeczytać w raporcie Kiełkowskiego: ,,W tym czasie odwiedził zakład również Reichsminister Aksmann, przywódca młodzieży hitlerowskiej, który oznajmił niemieckiemu kierownikowi zakładu Krollowi, że szpital musi być zlikwidowany w najkrótszym czasie z uwagi na konieczność założenia na tym terenie placówki dla Hitlerjugend.". Na trzy tygodnie przed mordem, zabroniono wypisywać pacjentów do domu, a jednocześnie dalej przyjmowno nowych podopiecznych. Pielęgniarka Janina Sroka, po latach wspominała, że „rozniosła się wieść o ewakuacji i odtąd pod bramę przychodzili krewni pacjentów pytać o ich los”. Część rodzin chciała „zabrać bliskich do domu”, ale Niemcy ogłosili „że jeśli kogoś zabraknie, będą rozstrzeliwać pracowników szpitala”.

Kolejnym etapem przygotowań do eksterminacji chorych, było wydanie lekarzom dnia 18 czerwca nakazu opuszczenia placówki, zakazano im też wchodzenia na oddziały. Cztery dni później, dnia 24 czerwca usunięto ze szpitala kapelana i siostry zakonne, które pełniły posługę pielęgniarską, pozostawiając na miejscu nieliczny personel. Jeszcze tego samego dnia „przybyli rano na teren cmentarza zakładowego od strony Krakowa samochodem SS-mani i wykopali duży głęboki grób w południowej części cmentarza”, natomiast na bocznicę kolejową znajdującą się obok szpitala ,,(…) przytoczono ze stacji Swoszowice 8 pustych krytych wagonów towarowych. Wagony te zamówił poprzedniego dnia niemiecki zawiadowca stacji Swoszowice, mówiąc do świadków Kocha i Michałka, że wagony te są potrzebne do wywiezienia chorych z Kobierzyna do Oświęcimia." , dnia następnego na szpitalny cmentarz sprowadzono wóz z wapnem i w ten sposób zakończone zostały przygotowania do eksterminacji elementu niepożądanego przez Niemców.

Popołudniu dnia 23 czerwca zaczęto zbrodnię, przed wymordowanie lm pacjentów podano im obfity posiłek i zapewniono, że zostaną przetransportowani do Drewnicy koło Warszawy, jednak część ofiar wiedziała jaki los ich czeka ze strony Niemieckiech oprawców. Dzięki wspomnieniom Pani Sroki wiadome jest, że pacjentki z jej oddziału „błagały, by je zostawić. Jedna umiała mówić po niemiecku i prosiła ich, całowała po rękach. Czuły, że idą na śmierć. Nie było litości, musiały zejść do samochodu”. Alcja przewozu chorych odbywała się szybko, pacjentów wieziono ciężarówkami na bocznicę kolejową, a następnie ładowano do wagonów, które w tym samym dniu odjechały do Auschwitz, jeszcze tego samego dnia pacjenci zostali zagazowani. W szpitalu pozostawiono „jedynie nielicznych chorych bezwzględnie nie nadających się do transportu”. Ich SS-mani wymordowali na miejscu, Pani Janina wspomina, że w nocy, gdy wymknęła się z pomieszczenia w którym Niemcy zamknęli personel, poszła na oddział. Na miejscu mogła przekonać sie na własne oczy o masakrze jaka miała tam miejsce, w separatce w której została jedna z jej podopiecznych ,,(…) na podłodze plamy krwi. Całe okno było zbryzgane krwią. W tej drugiej, większej sali też było dużo świeżej krwi, w miejscu, gdzie zastrzelono dwie pozostałe pacjentki. Ciał już nie było, sprzątnięto je w nocy." Zwłoki zamordowanych trafiły do przygotowanej wcześniej mogiły, gdzie pochowano również 25 żydów ze Skawiny, których zapędzono do grzebania ciał. Lącznie dnia 23 czerwca, roku 1942 życie straciło blisko 600 pacjentów szpitala w Kobierzynie, niedługo po niemieckiej zbrodni do placówki przywieziono dzieci polskich volksdeutschów, które miały być wychowane w duchu hitlerowskim i w ten sposób miejsce, gdzie niesiono pomoc i ulgę, osobom umęczonym umysłowo i duchowo, zmieniono w obrzydliwy ośrodek szkoleniowy przyszłej młodzieży rasy "aryjskiej".